वातावरणीय तथा मानवजन्य प्रदूषणका कारण पानीमा अक्सिजनको मात्रा कमी हुन गई कालीगण्डकी नदीको जलचक्र प्रणाली प्रभावित हुनुका साथै नदीको अस्तित्वसमेत खतरामा परेको छ । तापक्रम वृद्धिसँगै हिमालमा हिमस्खलन हुने क्रम बढ्दै जाँदा हिमनदी कालीगण्डकीको वहाबमा आएको परिवर्तनले नदी क्षेत्र वरपरको जमीन कमजोर बन्दै गएको छ । उद्योग तथा कलकारखानाबाट निस्कने फोहरमैला, रसायनयुक्त पानी र अनियन्त्रित रूपमा ढल मिसाउनेजस्ता गलत मानवीय कारणले गर्दा कालीगण्डकी नदीको पानी अत्यधिक प्रदूषित बन्न गई पर्यावरणीय दृष्टिकोणले यो नदीको अस्तित्व खतरामा पर्दै जान थालेको हो ।

दामोदरकुण्डदेखि मुस्ताङको जोमसोम, म्याग्दीको बेनी, बागलुङ, पर्वतको कुश्मा र गुल्मीको रिडी बजारसम्म पुग्दा कालीगण्डकी नदीमा प्रशस्तै जैविक तथा औधोगिक फोहरमैला थुप्रिने गर्दछ । हिन्दू धर्मावलम्बीहरुका लागि पूजापाठ गर्ने थलो तथा धार्मिक आस्था र विश्वास बोकेको यो नदीलाई शालीग्राम पाइने विश्वकै एकमात्र नदीको रूपमा लिने गरिन्छ ।

धार्मिक, सामाजिक र सांस्कृतिक दृष्टिकोणले महत्वपूर्ण एवं वातावरणीय हिसाबले संवेदनशील नदी हेर्दाहर्दै कुरुप एवं मित्र जीवको सट्टा हानीकारक शत्रु जीवको उर्वर बासस्थानका साथै प्रदूषणको स्रोत बन्न पुगेको वातावरण संरक्षणका अभियन्ता चन्द्रमणि सापकोटाले बताउनुभयो । हिन्दू धर्मावलम्बीले भगवान विष्णुको अङ्शका रूपमा पूजा आराधना गर्ने र विश्वमै दुर्लभ शालिग्राम शिला पाइने विश्वको एकमात्र नदी कालीगण्डकीलाई प्रदूषणको चपेटाबाट मुक्त गर्न ‘कालीगण्डकी बचाउ’ अभियानमा सबै सक्रिय हुनुपर्ने धारणा वातावरणविद्को छ ।

हिमालयबाट हिउँ पग्लेर मुक्तिनाथको स्पर्श गर्दै विभिन्न खोला समेटेर बग्दै आएको कालीगण्डकी बढ्दो शहरीकरण र जलवायु परिवर्तनका कारण मानवीय र प्राकृतिक दुवैतर्फवाट प्रदूषित बन्दै गएको छ । प्रकृतिमा देखिएका असामयिक परिवर्तन र मानवजन्य प्रदूषणका कारण पानीमा अक्सिजनको मात्रा कमी हुन गई कालीगण्डकी नदीको जलचक्र प्रणाली प्रभावित बनेको सरोकारवालाले बताएका छन् । यसले गर्दा नदीको अस्तित्वसमेत खतरामा परेको वातावरणविद्को भनाइ छ ।